金融机构投资人均在公司开立一级托管账户。经中国人民银行批准的全国银行间债券市场结算代理银行可作为甲类结算成员开立自营账户及代理总户，其他金融类机构投资人可作为乙类结算成员开立自营账户；中小金融机构投资人或企事业法人可作为丙类结算成员通过结算代理行开立自营账户。为防范债券挪用风险，公司建立了客户账务语音/传真查询复核系统，丙类结算成员可以直接通过该系统查询其债券托管账户余额和结算过户信息。
债券柜台交易采用两级托管体制。公司为一级托管人，柜台交易承办银行为二级托管人。
证券交易所的登记托管机构作为公司的债券分托管机构，在中央债券簿记系统开立托管代理总户，该账户用以记载在该交易场所上市交易的债券总量，跨市场投资人可通过系统进行跨市场交易债券的转托管。
此外，每个债券发行人在中央债券簿记系统开立发行人账户，该账户记载各发行人发行的各品种债券发行总量，在发行总量和所有一级托管账户托管总量之间具有平衡检查机制。
